4767 Во время транспортировки Деус перезапускается. Зохар, который был отсоединён от Деуса и запечатан, взломан изнутри и использован для захвата Разиэля, менфрейма Элдриджа. Он перепрограмирован, режим полёта изменён, новое назначение Элдриджа "родная планета”. Командующий транспортировкой и временный капитан корабля Шигиоши Инуэ, назначенный на это задание отделом Разработок Вооружения военного Исследовательского Центра Новых Технологий, решает эвакуировать Элдридж, но это невозможно так как Деус уже уничтожил спасательные капсулы. Тогда капитан использует, предназначенный для аварийных ситуаций(*3), скрытый протокол, уничтожающий соединяющие стержни продольной шахты(*2). С потерей стержней Элдридж становится неуправляем и находясь в гравитационном поле ближайшей планеты он притягивается к ней. Войдя в атмочферу корабль разрушается, большинство блоков сгорают во время падения. К тому же лишь малое число блоков обладает функцией аварийной посадки. Корабль уничтожен не полностью, есть ли выжившие неизвестно. Главный контейнер содержащий Деус падает в океан и погружается на дно. Тем временем Зохар со скоростью несколько километров в секунду падает в одной из полярных зон планеты. Прямо перед этим система контроля Кадмони отсоединяется от Зохара и совершает мягкую посадку на берег одного из континентов. 0000 Элохим, программное ядро Персоны, задействует протокол, активирующий систему Хавва и вместе с этим на планете появляется первая разумная жизнь - Система Хавва создаёт из Анимуса, составной части Кадмони, Каина и 12 людей Газель, основателей человечества. Элихаим и Мианг выделяются из системы Хавва, являются супервизорами продолжительного восстановления Деуса (или если быть более точным Зохара). Очевидно единственный выживший с Элдриджа семилетний мальчик по имени Абель, встречается с Элихаим, пока Каин и Газель используют Кадмони для массового производства исходных "различных материалов” или по другому людей. Количество людей в начальной стадии размножения увеличивается в геометрической прогрессии, но в итоге кривая их репродукции спала. 0010 Человечество почитает Каина как живого бога, но Абель отвергает этот культ. Мировозрение Абеля становится помехой для Каина. 0011 Каин пытается убить Абеля, однако Элихаим жертвует собой чтобы его спасти. Мианг наблюдает это со стороны.
Сноски *1 - Код вида NGC 6744 стандартное обозначение галактик в классификации Хаббла. "Миктам” это название звезды в этой галактике, в то время как две цифры следующие после названия указывают на четвёртую планету от звезды. Если нужно обозначить спутник планеты то перед цифрами будет помещена буква "S”. Наконец [бета] в конце означает степень необходимой модификации окружающей среды планеты перед заселением. Эта степень не фиксирована, классификацию можно обновить до [альфы], а затем вообще исключить её. Начальная буква для всех поддающихся изменению планет [гамма]. Любая планета с классификацией ниже этой часто не пригодна для жизни. *2 - Возможная причина того что экипаж смог уничтожить Соединительные Стержни, в то время как под контролем Деуса находилось приблизительно 90% корабля, кроется в том что использовать Стержни во время полёта невозможно и поэтому их контроль имел более низкий приоритет. *3 - главное назначение Продольной Шахты - упростить разделение Элдриджа на отдельные блоки, когда будет эффективнее использовать группу модулей.
Спустя 5000 лет после того как человечество по- кинуло родную планету, в просторах космоса образовалось множество межзвёздных госу- дарств и даже была сформирована галактическая федерация. Всё это подчинялось единой цент- ральной организации, Совету. Однако не смотря на это региональные стычки, этнические конфликты и грабежи космических пиратов стали обыденной частью повседневной жизни. Все эти отдалённые и разрозненные беспорядки в конце концов привели к полномасштабной межзвёздной войне. Именно в это время МАМ, пропавшая на тысяче- летия была найдена на корабле, перевёзшим пос- ледователей древней религии. Пусть будущие ис- торики судят о последствиях этого открытия, но анализ МАМ начался снова, спустя 5000 лет пере рыва. Анализ Зохара привёл к рождению теории изменения событий, Кадмони и Деуса... Однако учёные, ответственные за эти открытия оказались неспособны котролировать свои творения.
В начальном ролике Деус после захвата Разиэля использует программу полёта корабля чтобы отправить его на „Родную Планету”. Это планета не главная планета того времени Новый Иерусалим, а Покинутый Иерусалим, иначе известный как Земля.
Игра не дала пояснений почему Деус пытался напра- вить корабль сюда, кроме то что Покинутый Иерусалим без сомнения признан людьми того времени как „святая планета” . Происхождение этого почитания кроется в 16 веке В. Х., когда расселявшееся по космосу челове- чество объявило Землю, сейчас известную как „Запрет- ная Земля”, запрещённой. Почему Землю объявили запрещённой остаётся неизвестно, хотя это не означает какое бы то ни было изменение в окружающей среде. Возможно Земля скрывает какую-то „Тайну”...?